扬州miQP2逆转录

时间:2023年06月08日 来源:

反转录酶的选择:反转录酶(Reversetranscriptase)又称逆转录酶。是以RNA为模板指导dNTP合成互补DNA(cDNA)的酶。一部分反转录酶具有RNA酶活性,能够在转录后降解RNA-DNA杂交链中的RNA链。如果反转录酶没有Rnase酶活性,可加入RNaseH来获得更高的qPCR效率。常用的酶包括Money鼠白血病病毒(MMLV)反转录酶和禽成髓细胞瘤病毒(AMV)反转录酶。依据RT-PCR,理想的状态下是选择具有较高热稳定性的反转录酶,cDNA的合成才能在较高的温度下进行,确保成功转录具有较高二级结构的RNA,并确保在整个反应过程中的全部活性,从而得到质量更高的cDNA。逆转录实验前应反复检查所有试剂盒的有效期和使用条件。扬州miQP2逆转录

逆转录的转录过程:基因的转录是由RNA聚合酶催化进行的。基因的上游具有结合RNA聚合酶的区域,叫作启动子。启动子是一段具有特定序列的DNA,具有和RNA聚合酶特异性结合的位点,决定了基因转录的起始位点。RNA聚合酶与启动子结合后,在特定区域将DNA双螺旋两条链之间的氢键断开,使DNA解旋,形成单链区,以非编码链为模板合成RNA互补链的过程就开始了。转录的延长是以前面核苷酸的3′-OH为基础逐个加入NTP,形成磷酸二酯键,使RNA逐步从5′向3′端延伸的过程。在原核生物中,因为没有核膜的分隔,转录未完成即已开始翻译,而且在同一个DNA模板上同时进行多个转录过程。电镜下看到的羽毛状图形和羽毛上的小黑点(多聚核糖体),是转录和翻译高效率的直观表现。南京茎环法反转录生产厂家逆转录是2代测序、单细胞测序等技术的前置步骤。

逆转录酶是存在于RNA病毒体内的依赖RNA的DNA聚合酶。RT-PCR实验中的逆转录酶需要具有以下二种活性:依赖RNA的DNA聚合酶活性:以RNA为模板合成cDNA的首先条链。依赖DNA的DNA聚合酶活性:以一条DNA链为模板合成互补的双链DNA。在选择逆转录酶时,建议选择无RNaseH①活性(RNaseH-)的逆转录酶。具有RNaseH活性的逆转录酶的RNaseH活性会与聚合酶活性竞争RNA模板与DNA引物(或cDNA延伸链)形成的杂合链,并降解杂合链中的RNA链。被RNaseH活性所降解的RNA模板不能再作为合成cDNA的有效底物,降低了cDNA合成的产量与长度。

逆转录酶实验流程:从细胞材料中提取RNA→RNA加入到含有逆转录酶、引物、dNTPs的反应体系中→退火,引物与RNA链配对→延伸,逆转录酶合成互补cDNA链变性→常规PCR反应流程(变性、退火、延伸,如此多次循环)。RT-PCR“两步法”与“一步法”RT-PCR的实验操作分为“一步法”与“两步法”两种。一步法RT-PCR能克隆微量mRNA而不需构建cDNA文库(即cDNA合成与PCR反应在同一Buffer及酶中进行,一步法完成),省略了cDNA与PCR之间的过程。两步法RT-PCR首先用反转录酶合成cDNA,然后以cDNA为模板进行PCR,即RNA反转录与PCR扩增分两步进行。逆转录实验在反应前应将各反应试剂混匀,避免试剂沉淀或剪切。

RNA逆转录实验注意事项:RNA定量:除了掌握RNA的完整性之外,反转录之前还需要对RNA浓度进行测定。一般反转录试剂盒会对上样量有要求,建议totalRNA上样量小于5μg。超过这个范围,会使反转录产物产生偏好性(表达丰度高的基因优先被反转录)而造成定量结果不准确。逆转录引物的选择:逆转录引物一般包含3种:oligodT引物,随机引物和特异性引物。对于短的且不具备发卡结构的真核细胞mRNA,三种都可用。逆转录实验过程中避免光照,防止RNA样品和试剂受光降解或刺激。逆转录实验过程需适当的RNA质量,过少或质量不佳将影响扩增效果。南京茎环法反转录生产厂家

逆转录可用于新型病毒的检测。扬州miQP2逆转录

miRNA的加尾法逆转录和qPCR,miRNA与mRNA的在qRT-PCR过程有所不同。一般来讲,mRNA比较长,其长度通常在几百至几千个核苷酸,因此使用随机引物(RandomPrimerp(dN)6)即可随机结合到mRNA的各位置进行逆转录。由于qPCR的过程只需扩增目的片段的一部分(80~200bp),因此使用随机引物的逆转录产物尽管不完整,也完全能够满足qPCR的需求。当然,也可以使用OligodT引物统一从mRNA的ployA尾巴开始逆转录。这种逆转录引物在扩增cDNA全长时是必须的,但要注意,原核生物的mRNA和某些lncRNA不具有ployA尾,因此不能使用OligodT引物进行逆转录。扬州miQP2逆转录

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